Esto es algo que había publicado en mi antiguo blog (ya desaparecido), asi que lo vuelvo a poner en caso de que a alguien le interese.

Se trata de que se puede usar dbus para mostrar una notificación en nuestro escritorio (por lo menos en gnome, donde lo probé), como la que muestro en la siguiente captura:

El código es el siguiente (es bastante simple y con los comentarios que tiene queda explicado por si solo).